2004年，钦州民族师范学校（含广西广播电视大学钦州分校）并入钦州师范高等专科学校。

2006年2月，国家教育部下文批准钦州师范高等专科学校升格为钦州学院。

2011年，获得国家高级海船船员和国家一级渔业船员培养培训的资质。同年12月，滨海校区启动建设。

2012年11月，通过教育部新建本科院校本科教学合格评估。

2013年，成为教育部首批应用型大学联盟理事高校。

2014年，成为广西新建本科院校整体转型发展试点单位。

2015年，学校由钦州市西环南路整体搬迁至钦州市滨海新城。

2016年1月，学校由钦州市西环南路、育才路两个校区整体搬迁至钦州市滨海新城滨海校区办学。同年，教育部与钦州学院签署高等学校产教融合创新实验项目、广西壮族自治区人民政府与国家海洋局签署共建北部湾大学（筹）协议。

2018年11月底，教育部批准在钦州学院基础上设立北部湾大学。

2021年9月，学校成为广西2021-2025年立项建设新增博士学位授予单位（博士B类）。